Trong mùa hè năm 1939, con tàu đem dùng vào việc chở Quân đoàn lê dương (Condor Legion) trở về từ Tây Ban Nha sau chiến thắng của các lực lượng dân tộc chủ nghĩa dưới quyền tướng Francisco Franco trong cuộc nội chiến Tây Ban Nha.Binh sĩ Đức bị thương ở Narvik được chuyển trở lại Đức bằng Tàu Wilhelm Gustloff vào tháng 7 năm 1940.

Từ tháng 9 năm 1939 đến tháng năm 1940, là một con tàu bệnh viện, với tên gọi chính thức Lazarettschiff D.

Bắt đầu từ ngày 20 tháng 11 năm 1940, các thiết bị y tế đã được gỡ đi khỏi con tàu và nó đã được sơn lại từ màu tàu bệnh viện - màu trắng với một sọc màu xanh lá cây, sang màu xám (theo chuẩn hải quân)[4]. Khi nước Anh phong tỏa bờ biển của Đức, con tàu lại được đem sử dụng như một doanh trại cho khoảng 1.000 học viên của Sư đoàn Đào tạo tàu ngầm số 2 (2 Unterseeboot-Lehrdivision.) tại các cảng Baltic của Gotenhafen (Gdynia) - gần Danzig (Gdańsk)[4]. Tàu Wilhelm Gustloff chỉ đậu tại bến trong hơn bốn năm, cho đến khi được đưa trở lại phục vụ để vận chuyển dân thường và công chức trong một phần của chiến dịch Hannibal.